《仙剑奇侠传三》的故事始于渝州城,景天本是当铺的小伙计,整日做着发财梦。某日,一位自称清微道长的老人上门,将一枚古玉交给景天,要他送往永安当。景天认得出这是当铺珍藏的玉佩,但清微道长言称此物与景天有缘。当晚,当铺遭人破坏,景天被卷入一场阴谋,在那间尘封多年的仓库里,他遇见了自称唐家堡大小姐的雪见。雪见原是唐门收养的孤女,随身带着另一枚玉佩,两枚玉佩相遇后产生共鸣,化作一人,正是夕瑶留在人间的分身。景天和雪见为了查清玉佩的来历,一同前往蜀山。
蜀山派掌门清微向景天道出真相:他是神将飞蓬转世,雪见则是神树之果所化。当年飞蓬与魔尊重楼在神界比武,导致神界受损,飞蓬被贬下凡。重楼为寻对手,将魔剑从锁妖塔中取出,机缘巧合落入景天之手。魔剑内封印着景天前世龙阳的妹妹龙葵,她等待千年只为在哥哥转世后重逢。景天起初半信半疑,但魔剑确实能响应他的意念,龙葵的魂影也时常显现。此时锁妖塔因魔剑被取而出现裂缝,妖魔外泄,清微道长恳请景天协助寻找五颗灵珠,用以封印塔中的邪气。
景天、雪见和龙葵结伴踏上旅途。他们先到璧山取风灵珠,途中遭遇霹雳堂堂主罗如烈。罗如烈练成邪功,暗中勾结蜀山叛徒常纪,企图夺取灵珠。景天等人击败罗如烈,取得风灵珠。随后前往九顶山寻找火灵珠,那里有古代炎帝神农洞窟,镇守火灵珠的是火鬼王。火鬼王千年修行,擅长幻术,但景天凭借雪见的坦诚和龙葵的坚定识破幻象,夺回火灵珠。然而常纪突然现身,使用邪术掳走雪见,以她交换水灵珠。景天无奈之下交出灵珠,却得知常纪早已投靠邪剑仙——一个由蜀山五长老邪念集合而成的怪物,他正谋划解开锁妖塔最深处的封印。
景天追至雷州,常纪已被邪剑仙灭口。邪剑仙以雪见为质,迫使景天前往神魔之井取得神树果实。景天在神魔之井中与重楼相遇,重楼不屑于邪剑仙的卑鄙,反而提醒景天,邪剑仙真正的目标是将人间与神界彻底打通。景天拿到神树果实后,邪剑仙果然撕票,将雪见打入锁妖塔中。景天悲痛欲绝,龙葵主动提出以自己千年魂力为代价,施展鬼界秘术,带景天进入锁妖塔寻找雪见。塔中妖物横生,景天与龙葵且在昔日剑冢遗迹里看见龙阳当年铸造魔剑的过程,龙葵也终于记起自己为帮助哥哥铸剑而投身火海的往事。
在锁妖塔最底层,雪见并未死去,她被神树果实的力量护住,但随身玉佩已碎。邪剑仙趁机吸收塔内所有妖气,实力暴涨,破塔而出。蜀山五长老试图阻止却反被吞噬。邪剑仙宣称要在蜀山之巅建立一座通天阵,接引神界之力,让神魔重新混战。景天和雪见、龙葵联手攻上蜀山,重楼也出手相助。一番苦战,景天用魔剑斩断邪剑仙的凡躯,但邪剑仙的元神逃入神魔之井。景天追入,在井底看到了自己作为飞蓬的全部记忆,也得知一个残酷的真相:要彻底消灭邪剑仙,必须重启神魔之井的乾坤逆转,而代价是需要有一个持剑者的灵魂献祭。

龙葵不愿景天牺牲,抢先一步跳入井中,将魔力灌入魔剑,景天在混沌中感知到她的存在。雪见同样打算牺牲自己,因为她的本质是神树果实,可以代替龙葵完成阵法。景天不忍再失,但重楼出现,以自己的魔力镇压井口,并告诉景天,只要毁掉神树果实,邪剑仙便无法借助人界与神界的力量重生。景天最终举剑斩向果实,雪见的身影消散。邪剑仙在失去力量后彻底灭亡。但天地之间,雪见的魂魄与神树重新相连。重楼说,景天在凡间的修行终将圆满,他可以用自己全部的修为换雪见复生。
景天做出选择。他耗尽修为,带着雪见的碎魂回到渝州城。当铺重新开张,似乎一切如旧。但某个清晨,一个红衣少女推开门,笑着问他,还记得那对玉佩吗。景天流下泪来。龙葵则回归魔剑,剑身永远沉默。重楼离开前留下一句话,飞蓬的宿命结束了,但景天的日子才刚刚开始。蜀山重建,仙剑三的故事就此落幕,而五灵珠被安放在剑冢中,等待下一个有缘人。